Une érosion contenue de la variabilité génétique en race montbéliarde en 2023

Avec 10,8 générations remontées en moyenne dans le bilan Varume, la qualité des généalogies en race montbéliarde permet de mesurer l’évolution de la consanguinité dans la population femelle de manière fiable. Il s’agit en effet d’un paramètre important pour préserver l’avenir de la sélection, éventuellement sur de nouveaux critères…

La qualité des informations généalogiques est un atout précieux pour la gestion collective de la diversité génétique.

Crédit photo A. Coronel/Terroir Est

Avec seulement six taureaux qui expliquent 50 % de la variabilité génétique des femelles montbéliardes actuelles, la race se situe entre l’abondance (5) et la prim’holstein (7). Un effectif d’ancêtres fondateurs relativement faible qui est la conséquence de choix collectifs et individuels en matière de sélection des générations précédentes… Le hit-parade de ces ancêtres fondateurs, assortis de leur date de naissance, parle de lui-même (lire tableau 1). Or, la gestion de la diversité génétique fait partie des grands enjeux d’avenir des races laitières et plus largement de l’élevage bovin.

Détail des ancêtres les plus importants de la population analysée femelle

Rang

N°animal

Nom

Sexe

Année de naissance

Contribution brute

Contribution marginale

Contribution cumulée

1

FR7176060311

MARTIEN

M

1976

15,1%

15,1%

15,1%

2

FR2572016541

DEBOUT

M

1972

11,4%

11,4%

26,4%

3

FR3971002640

CORAIL

M

1971

8,1%

8,1%

34,5%

4

FR3877013344

NEWLOOK

M

1977

6,0%

6,0%

40,5%

5

FR7080007171

RHUM

M

1980

5,2%

5,2%

45,7%

6

FR0196014411

MICMAC

M

1996

7,2%

4,5%

50,2%

7

FR3990016792

FAUCON

M

1990

6,7%

4,2%

54,4%

8

FR7191071104

GARDIAN

M

1991

9,1%

3,4%

57,8%

9

FR7075000747

LISETTE

F

1975

4,3%

3,4%

61,1%

10

FR0000185431

URANUS

M

1968

2,6%

2,6%

63,7%

En gras souligné, les animaux dont la contribution marginale est inférieur à la contribution brute : cela signifie que ces animaux sont apparentés aux ancêtres qui les précèdent. Une contribution en gras seul apparaît pour l'animal à partir duquel la contribution cumulée atteint 50 %.

Source : Idele/Bilan Varume 2023

Un observatoire de la variabilité génétique

Chaque année depuis 2015, l’Institut de l’élevage publie le rapport Varume (acronyme utilisé pour désigner l’observatoire de la variabilité génétique des ruminants et des équidés), fournissant une analyse détaillée de la variabilité génétique des principales races bovines utilisées en France. L’édition 2023, parue en novembre dernier, donne des informations intéressantes sur les principales races laitières exploitées en France, dont la montbéliarde, en deuxième position en matière d’effectif.

Évolution du nombre d’ancêtres efficaces par période de population analysée (femelles dont les deux parents sont connus).
Évolution du nombre d’ancêtres efficaces par période de population analysée (femelles dont les deux parents sont connus).
Crédit photo : Rapport Varume 2023

Le graphique montre l’évolution du nombre d’ancêtres efficaces par période de population analysée (femelles dont les deux parents sont connus) entre 2013-2016 et 2019-2022. Une manière visuelle pratique de comparer comment l’évolution de la consanguinité est « gérée » au niveau de chaque race : l’érosion la plus forte est en pie rouge et, a contrario, la simmental française gagne en variabilité grâce au flux de gènes étrangers (utilisation de taureaux allemands et autrichiens faiblement apparentés à la population femelle française).

Préserver une capacité d’adaptation à de nouveaux contextes

Avant de plonger dans les détails spécifiques à la race montbéliarde, il est crucial de rappeler l’importance de surveiller l’évolution de la consanguinité dans les populations bovines. La consanguinité accrue peut entraîner une série de problèmes, notamment la dépression de consanguinité, l’expression de maladies génétiques délétères et la diminution de la capacité d’adaptation des animaux.

De plus, avec les défis nouveaux tels que l’aptitude à résister au stress thermique ou à des maladies émergentes tout en répondant à des préoccupations environnementales comme le bilan carbone ou la réduction des émissions de méthane, il est essentiel de préserver la diversité génétique afin de permettre la sélection sur de nouveaux critères.

Principaux résultats pour la race montbéliarde

Voici quelques points saillants du rapport Varume 2023 :

En premier lieu, la qualité des généalogies et la profondeur des pedigrees (nombre de générations connues) sont remarquables.

94 % des 691.208 femelles nées de 2019 à 2022 ont leurs deux parents connus et le nombre moyen de générations remontées dans leur pedigree est de 10,8. Or la qualité des données généalogiques est essentielle pour évaluer la variabilité génétique.

La génomique a permis de ralentir l’érosion de la diversité génétique

À 5,5 % le taux de consanguinité moyen des femelles montbéliardes sur 10 ans est plutôt dans le haut de la fourchette qui se situe entre 1,9 % et 5,9 % pour les neuf races étudiées dans ce rapport. Cependant, il est important de noter que la consanguinité sur 3 générations reste très faible, à 0,09 % (un chiffre plutôt en bas d’une échelle qui va de 0,07 % à 0,38 %) ce qui témoigne d’une bonne gestion collective de cette problématique, intégrant notamment la pratique d’accouplements raisonnés par les éleveurs sur ce critère.

Les outils génomiques permettant une meilleure prise en compte de la variabilité en amont de la création génétique dans les schémas de sélection (recrutement des mères à taureaux notamment) ont aussi joué un rôle important. À titre de comparaison, le taux d’accroissement de la consanguinité était de 0,218 % par an sur la période 1998-2007. Il n’est plus que d'1,43 % sur la période 2012-2022, soit un rythme annuel moyen de 0,143 %.