La consanguinité et l'apparition d'anomalies génétiques affectent la santé et la durabilité des troupeaux.
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Gérer la consanguinité et l'apparition d'anomalies génétiques : des enjeux qui font face à l’élevage bovin, car ils affectent la santé et la durabilité des troupeaux.
La France s’est doté d’un réseau de surveillance appelé Observatoire national des anomalies bovines en 2002. Son rôle est de :
- recueillir les signalements et les prélèvements biologiques de veaux anormaux,
- susciter les recherches
- informer les professionnels.
« Toutefois, cette stratégie repose sur l’observation de signes cliniques distinctifs et ne permet pas de repérer des mutations responsables de troubles immunitaires ou métaboliques dont les manifestations peuvent être confondues avec des maladies d’origine environnementale (causées par des agents pathogènes ou une alimentation inadéquate par exemple) », indique l’Inrae.
HHED, une nouvelle méthode
Une nouvelle méthode propose une nouvelle approche pour identifier et contrer ces anomalies : appelée HHED (Homozygous Haplotype Enrichment/Depletion), elle a fait l’objet d’une publication dans Genome Biology. Elle a été menée par les généticiens d’Inrae, en partenariat avec l’Institut de l’élevage (Idele), Eliance, les 4 écoles vétérinaires françaises (ENVF) et les principaux organismes et entreprises de sélection français.
La méthode HHED, appliquée aux 3 principales races laitières françaises (holstein, montbéliarde et normande), a permis de détecter 33 nouvelles régions du génome associées à une augmentation du risque de mort juvénile et/ou une réduction de la vie productive des femelles homozygotes.
La mutation génétique à l'origine du syndrome BLIRD a été identifiée
Parmi les découvertes majeures, une mutation génétique, à l'origine du syndrome BLIRD, a été identifiée chez la race holstein. Ce syndrome, non détecté pendant plus de 40 ans, provoque des retards de croissance et affecte l’immunité intestinale.
« Le fait que cette anomalie génétique n’ait pas été détectée auparavant alors qu’elle existait depuis au moins 40 ans dans cette race bovine, la plus nombreuse et la plus étudiée au monde, illustre la puissance de cette nouvelle approche », souligne l’Inrae.
En France, on estime que chaque année 29.000 veaux naissent homozygotes pour au moins une des 33 régions génomiques associées à une surmortalité juvénile détectées grâce à cette étude, générant des coûts de plusieurs millions d'euros.
50.000 marqueurs génétiques analysés
L’étude initiale a porté sur l’analyse de 50.000 marqueurs génétiques balisant le génome bovin, dont les informations étaient disponibles pour plus de 500.000 individus et leurs ancêtres grâce aux évaluations génomiques réalisées en routine pour l’amélioration de ces races.
La méthode HHED permet d’identifier des régions du génome où l’on observe un excès d'homozygotes chez les génisses mortes naturellement avant l’âge adulte. En parallèle, ces mêmes régions sont moins fréquentes chez les vaches laitières adultes par rapport à ce que l’on s'attendrait en fonction du patrimoine génétique de leurs ancêtres. Cela aide à repérer les anomalies génétiques potentiellement responsables de la surmortalité juvénile.
Les taureaux les plus influents de 70 races bovines
Les effets de ces régions ont été validés et précisés en analysant les performances pour de nombreux caractères d’intérêt et l’historique de vie d’une population de validation comprenant 8,8 millions de bovins. Des mutations candidates pour ces régions ont été identifiées en analysant les génomes de 1.869 animaux incluant les taureaux les plus influents de 70 races bovines.
Enfin, l’ajout de ces mutations candidates aux marqueurs génétiques pris en compte pour les évaluations génomiques de ces races a facilité le recrutement de veaux porteurs homozygotes et de veaux non porteurs qui ont permis de décrire finement les conséquences pathologiques des anomalies génétiques détectées, après comparaison de leurs caractéristiques phénotypiques