La graine est un être vivant, en état de vie ralentie, qui respire, entouré de réserves et protégé par une enveloppe. Et le stock de graines est un écosystème. C’est une caractéristique très souvent oubliée. Une fois la récolte faite, beaucoup de producteurs s’en remettent à l’organisme stockeur pour le devenir de leur récolte. Pourtant, c’est dès l'amont qu’il faut prévoir le stockage, une qualité insuffisante des grains pouvant amener d’importants surcoûts.
Les dangers sont de trois ordres: biologiques d’abord, avec la présence possible d’insectes, d’oiseaux ou plus grave de moisissures pouvant produire des mycotoxines. La présence de corps étrangers est aussi à surveiller. Enfin, décelables seulement avec une analyse, des résidus de pesticides rendraient les lots impropres à la commercialisation. La seule destination possible serait alors la méthanisation.
Pour limiter les conditions de développement de dangers d’origine biologique, la température et l’humidité doivent être contrôlées. Les risques d’acidification de l’huile sont dus au développement de micro-organismes, à cause justement de ces températures et d’humidité excessive: la norme prévoit un taux d’acide oléique inférieur à 2%, une réduction du prix entre 2 et 5%. Le lot est refusé si le taux est supérieur à 5%.
Une valeur entre 7 et 8% d’humidité pour la conservation du tournesol est préconisée, alors que la norme commerciale ne demande que 9%. Pour limiter le développement des insectes, il faut impérativement descendre au-dessous de 20°C.